Słowacja została z kolei zmuszona do zawarcia układu podporządkowującego politykę zagraniczną III Rzeszy i dopuściła do wprowadzenia Wehrmachtu na swoje terytorium (pas doliny Wagu). We wrześniu 1939 uczestniczyła w kampanii wrześniowej po stronie III Rzeszy przeciwko Polsce.
30 września 1938 układ monachijski przyznał Niemcom Kraj Sudecki, zamieszkany przez etniczną większość niemiecką (Niemcy sudeccy). Wobec nierozstrzygnięcia w układzie monachijskim roszczeń Polski do Czechosłowacji na zasadzie parytetu, 1 października 1938 Czechosłowacja przyjęła wystosowane 30 września ultimatum Polski, wyrażając zgodę na zajęcie Śląska Zaolziańskiego, zamieszkanego przez etniczną większość polską. W listopadzie Węgrzy na mocy pierwszego arbitrażu wiedeńskiego zajęli południową Słowację i południową Ruś Zakarpacką z Użhorodem i Mukaczewem, zamieszkane przez etniczną większość węgierską.
W konsekwencji układu monachijskiego i załamania się dotychczasowego systemu sojuszy Czechosłowacji opartych o Francję, wobec rezygnacji Francji i ZSRR z obrony integralności terytorialnej sojusznika, do dymisji podał się dotychczasowy prezydent Edvard Beneš (nastawiony proradziecko i profrancusko). Zastąpił go Emil Hácha, do tej pory apolityczny prezes Naczelnego Sądu Administracyjnego Czechosłowacji, nastawiony na prowadzenie polityki proniemieckiej na zasadzie appeasementu. Po utracie fortyfikacji w Sudetach kraj był faktycznie bezbronny wobec III Rzeszy, pomimo posiadania znacznych zasobów sprzętu wojskowego i fabryk przemysłu zbrojeniowego. Próba odsprzedaży części tego sprzętu Polsce i krajom bałkańskim została zablokowana przez III Rzeszę. Nowy czeski rząd, na czele którego stanął premier Rudolf Beran zaczął kopiować model włoskiego faszyzmu, tworząc Partię Jedności Narodowej (Strana národní jednoty) i wprowadzając cenzurę. Działalność Komunistycznej Partii Czechosłowacji i Kominternu w Czechosłowacji została zakazana. Rząd Drugiej Republiki jeszcze przed rozpoczęciem niemieckiej okupacji ograniczył prawa części obywateli wprowadzając antysemickie ustawy rasowe, a dekretem z 2 marca 1939 roku stworzył także obozy dla Romów w Letach i Hodoninie.
14 marca powołany po październiku 1938 parlament słowacki ogłosił w Bratysławie akt niepodległości i utworzenie Republiki Słowackiej. Nastąpiło to za zachętą Niemiec i pod groźbą zgody Niemiec na aneksję Słowacji przez Węgry (których częścią terytorium Słowacji było do traktatu w Trianon (1920)). Nowe słowackie państwo zostało uznane przez większość państw europejskich, jednak stało się satelitą III Rzeszy. 15 marca 1939 III Rzesza utworzyła za wymuszoną przez Hitlera zgodą prezydenta Republiki Czecho-Słowackiej Emila Hachy (podczas jego wizyty w Berlinie) z Czech Protektorat Czech i Moraw, okupowany przez Wehrmacht i podporządkowany Rzeszy. Zachowany został dotychczasowy ustrój wewnętrzny państwa przy likwidacji armii czeskiej i przejęciu jej uzbrojenia przez Niemcy. Protektorem z ramienia Rzeszy został Konstantin von Neurath. Zasoby armii czeskiej i potencjał czeskiego przemysłu zbrojeniowego zostały przejęte przez III Rzeszę, a w maju 1939 depozyt złota Banku Czechosłowacji znajdujący się w bankach Wielkiej Brytanii został na żądanie rządu Protektoratu przekazany do Pragi, gdzie został następnie przejęty przez III Rzeszę.
Druga Republika Czechosłowacka, Czecho-Słowacja (cz. i słow. Česko-Slovenská Republika) – państwo powstałe po zajęciu Kraju Sudeckiego przez III Rzeszę i przekształceniu konstytucyjnym I Republiki w państwo federacyjne, złożone z Czech, Słowacji i Ukrainy Karpackiej.